스튜어트아일랜드는 조류 관찰자의 천국으로, 섬 인구보다 50배나 많은 키위 새를 비롯하여 뉴질랜드 토종 및 멸종위기종 새들로 가득하다.
대부분 사람의 손이 닿지 않은 스튜어트아일랜드는 토종 및 멸종위기 조류를 위한 훌륭한 서식처가 되고 있다. 스튜어트아일랜드 갈색키위(일명 토코에카. Tokoeka)는 낮과 밤에 모두 활동하며, 약 2만 마리가 서식하고 있는 것으로 추정된다. 이들은 숲에 서식하며 해변에서 먹이를 찾는다. 섬의 서던 생추어리(Southern Sanctuary)에서는 문앞에서 키위새를 만나는 독특한 경험을 선사한다.
섬 주민들의 정원에서도 토종새들을 만날 수 있다. 오번(Oban) 마을 주변에서는 여름날 저녁에 울려 퍼지는 카카(kākā)와 웨카(weka)의 지저귐을 들을 수 있다.
스튜어트아일랜드의 골든베이(Golden Bay)에서 수상 택시로 조금만 가면 포식동물이 없는 개방 조류보호구인 울바 섬(Ulva Island)이 나온다. 토종 조류 관찰을 즐기는 여행자라면 반드시 방문할 만한 곳이다. 훼손되지 않은 산림으로 덮여있는 이 섬에는 토종새인 투이(Tui)와 카카, 굴뚝새(Rifleman), 팬테일(Fantail), 멸종위기종인 남섬새들백(South Island Saddleback) 등이 서식하고 있다.
